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还是军队的问题，此次索额图的谋反让康熙至今还心有余悸。“枪杆子里出政权”这是千古至理。康熙虽然没有明着说出过类似的话，但是这道理是一直扎根在他心中的。
虽然这次跟着叛乱的军队除了几个领头之人外，绝大多数的兵士都是不知道他们所要执行的任务具体是什么，对付的人是哪个，他们只管听上峰的命令行事，并没有资格过问其中的原因。可也正因为如此，才暴露出军队中的一些弊端。
在康熙看来，几个军队的首领撺掇在一起就敢公然谋反，这要是全国带兵的武将都联合起来，他岂不是要让出皇位了。这种可怕的后果只要想想就令康熙不寒而栗。
当然，这种情况只是假设，只要利益，派系，立场，政见等等这些因素不能达成统一，朝臣们就永远都不可能取得一致，而这种假设也就不可能成为现实。但危险要掐灭在萌芽当中，这是康熙维护皇权的宗旨，既然问题暴露出来了，康熙绝不会放任自流。
于是康熙借着处理此次叛乱的余温，先是下旨，在全国范围内实施减兵增饷，汰弱留强，严杜顶替之弊的政策，并对剩下来的所有士兵重新登记造册。那些调皮捣蛋，不服管教的兵痞自然也就夹杂在其中被剔除了出去。而精简下来的老弱，朝廷会根据他们这些年的军功和籍贯发放一定量的银两和土地，放他们回家务农。
此旨意一下，军队立刻沸腾了。在古代军人的地位是很低的，虽然清朝比明朝有所提高，但那是针对于八旗，尤其是满八旗来讲，至于由汉军组成的绿营变化并不太大。能够得到些钱财、土地回家务农，那些在军队中郁郁不得志的普通兵士当然是极为愿意的。而留下来的人饷银也得到了提高，真可谓是皆大欢喜。只是苦坏了一群吃空响的军官，这一下子他们的收入将急剧减少。
可是康熙出手的太是时机了。借口找的也好，谁也不想和谋反挂上边不是，他们也只能打掉牙往肚子里咽了。
之后，康熙又来了一个更大的动作，他带领吏部和兵部的人，亲自参与并制定了一系列的政策和规章制度。
首先在军种的分类上，康熙开创历史之先河，把现有的军队分为陆军，海军和火器军三大类。三军可以协作，但互不统属。尤为重要的一点是。他把火枪营和炮营单独分离出来。成立了一个新的军种——火器军。而没有按照常规那样把它划分到陆军的范围内。并且火器军归他本人直接领导。这里就可以看出。康熙对待火器的态度，是既要重用，又要防范，更要牢牢的掌控在他自己手中。
康熙亲自领导。就等于是御用部队，待遇和地位自然和其他军队不能同日而语。原来没多少人愿意进的火器军一下子成了香饽饽，这可喜坏了新成立的火器军的士兵们，也羡慕坏了其他兵种的军队。现在无论是士兵，还是将领都一改往日的态度，削尖了脑袋想要挤进火器军。可现在火器军可不是那么好进的了，谁想进都得经过严格的考试和选拔，不合格的就是门路再硬也别想进去。谁让这是皇帝亲领的，人家牛着呢！
当然以这三大类为基础。康熙又再次进行了细分和简化，取消了一些不必要或已经不适用目前战争形势的兵种，又增加了例如工兵等实用的兵种。
另外康熙又进一步明确了海军的主要任务——独立或协同陆军、防御敌人从海上的入侵，保卫领海主权，维护海洋权益。保护过往商船的安全和利益。中国被西方社会称为“陆上民族”而中国也确实是自古以来就不重视海上的利益。而此次，“领海主权”这一概念首次以文字的形式记录在了大清的法典当中，更难能可贵的是，不管出于什么样的初衷，康熙破天荒的提出了对商人的保护政策。这是让所有人对极为吃惊和不解的。
而大清皇家海军也被康熙按照地域拆分为：北海、东海、南海三个舰队。
其次，康熙明确了军队的职能和职权范围。
从大清国建立至今，除了细微处有一些不大的变动之外，朝廷一直是沿用着明朝的制度和法规。例如《大清律例》，只不过是换了个名字，其实内容还是原来的《大明律例》，甚至一个字都没有更改过。其他方面亦如是，就连满人独有的八旗制度在很多地方也是参照了明朝的军制。如今这种情况在康熙这里得到了改变。为了更好的平衡和控制军队，康熙把兵部细划成了三个大的职权部门——总参谋部、总训练部、总后勤部。主要职能是担负防卫作战任务，必要时可以依照大清律例的规定协助维护社会秩序。
这样的制度已经很接近于现代军队制度了。
总训练部主要负责训练军队，不断提高军队的战斗力，保证作战、以及其他各项任务的完成。
总参谋部，其主要任务是贯彻执行最高统帅和兵部命令、指示，搜集和提供情报，拟定和组织实施战略战役计划，指挥并协调各军种、各军队的作战行动。
总后勤部负责领导与管理军队的各项后勤专业事物，组织与实施军队的后勤保障。军需、军医、军械、运输，军队财务、营房建设等都是其管辖范围。
康熙通过文、武两种比试，在全国范围内筛选了一批高素质的精英士兵、武将和文职人员，按照他们所擅长的区域，将他们充实到这三个部门当中。
另外对数目庞大，但是不承担主要作战任务的绿营。经过筛选后康熙也做出了调整，他们现在负责在城市或特定地区实施巡查警戒，处置突发事件，骚乱及暴乱事件。遇有严重灾害时，参加抢险救灾和为一线部队输送兵员等任务。
并且规定所有军队的将领全部三年一轮换。
这期间，康熙多方征求意见，参照了古往今来的军队制度，又向南怀仁等传教士详细询问了西方的军制，另外淑云也很隐晦的，在不经意间提出了一些极为有用的建议，才有今天这样的结果。
三方互相协调，又相对独立，最终的权利控制在了皇帝手中，这样一来就在最大程度上预防了叛乱发生的可能。
为了防止出现“兵不识将，将不知兵”的局面，康熙又组织人手为各个兵种分别制定了详细的训练大纲，并规定要严格按照上面的方法和步骤执行。而且康熙还要求各区域内部每年比拼一次，全国三年大比拼一次。优秀的团体和个人，都会得到提升和奖励。也就是说，从今以后士兵和武官擢升的途径已经不再局限于军功了。
这么一连串巨大的变动，给朝堂上带来的影响无疑也是十分巨大的。而每一次新制度的出台无可厚非的都会惹来争议，当然这次也不会例外。有赞同的，自然也有反对的。
而牵扯到个人利益，几乎所有的武官对这一系列的政策都持支持的态度。武官的利益扩大了，在文官看来，他们的利益就必定要受到损害。这些人自然也就不愿意了，而且自宋朝绍兴党禁开始，中国官场上的文官和武将就成了两个敌对的势力，他们互相拆台，互相倾轧，除了开国之初打天下的一段时间，就很少再有合作了。这不得不说是中国的一种悲哀。
当然也就没有哪个文官愿意看到武将做大，文官们气得要死。没想到一个谋反事件居然惹出这么多的事来。而且那是索额图那帮人的错，又不关他们的事，他们可是老实、听话的很，凭啥有了好处只给那些粗鲁的丘八们啊？
几个年老的翰林为此都气病了。因此朝堂上反对的声音很大，甚至出现了冒死劝谏的把戏。
但是事关军队改革，康熙容不得别人置喙。以他现在的强势和权威，这些人跟本就阻止不了康熙的决定，而且康熙如今已经把舆论宣传运用的炉火纯青，他在第一时间就利用报纸占据了舆论的主导地位。经过了一些必要的妥协，又狠狠的整治了几个带头反对的。这些政策还是被康熙按照他全部的意志颁布了下去，并且在一众武官的努力下，顺利的得到了执行。
可即便如此，康熙还不满足，他又在军队中单独发行了一份报纸，专门用来宣传忠君思想。为了解决大多数士兵不识字的问题，康熙又责令各部队的将领专门组织人手每天给战士们读报纸。
等康熙把所有的工作全部理顺，各部队走上正轨的时候，已经过去了半年多，时间进入到了康熙三十年（公元1691年）四月初。
康熙这个不甘寂寞的家伙还没休息上几天呢，又突然决定要巡抚蒙古了。
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