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多铎的大军刚刚到达寿州，就得知孔有德部大败的消息，也不由大吃一惊，原以为自己在寿州渡河之后，清军就算是突破了淮河防线，商家军也无力回天了，万没想到商毅居然真敢逆势而上，主动向清军动进攻，而且用兵诡异，计划周详，一环紧扣一环，绝不是一味只靠着火器犀利而蛮干，这么看来，这个人确实是大清夺取天下的劲敌。 而自己，包括整个大清，以前都太低估这个人了。
现在孔有徳部己经被打残了，连孔有德本人也受了重伤，尽管清军在总兵力上还占有绝对的优势，但在淮河北岸却出现了一个兵力空虚的地带，如果这时商毅挥军北上，宿州、毫州、归德府、徐州府都难保，那么清军的归路和补给运输线就都会被商家军所切断了。
因此多铎可不敢向凤阳动进攻，而是命令耿仲明守住寿州，保住目前清军在淮河南岸的唯一阵地，自己亲自举领五万大军，又返回淮河北岸。幸好商毅在击败孔有徳之后，并没有继续向北进攻，因此多铎才及时回兵驻守蒙城，总算是保住了宿州、毫州一线。
不过多铎可也不敢再冒然向怀远和五河动进攻，而是驻守在蒙城，并且见到了在蒙城养伤的孔有德。这一次多铎可在也不敢小看商毅了，向孔有德详细询问了这一次战斗的经过，同时心里也在盘算对付商毅的办法。
而就在这时，多尔衮派正黄旗固山额真图赖率领二万人马，赶来支援多铎，也到达了蒙城。当然现在多尔衮还没收到孔有德大败的消息，只是知道豪格惨败，清军南征的东路军失利，因此才派来的援军。而且多尔衮也专程下令，把豪格也狠狠训斥了一顿，但还是命多铎释放豪格，让他带罪立功，并且把豪格由亲王降级为郡王。
多尔衮当然清楚，多铎监禁豪格，其中公报私仇的成份更大一些，但豪格毕竟是先帝皇太极的长子，又是正蓝旗的旗主，而目在两黄旗里还是有一些支持，而现在自己也尚未完全控制全局，如果公然处置豪格，恐怕会引公愤。而且现在正是用人之际，豪格打仗还是一把好手，因此才网开一面，将豪格释放。
多铎现在也知道，自己监禁豪格的理由也站不住脚，因为现在自己这一战败的可也不轻，因此正好借梯下墙，命人从归徳府把监禁的豪格释放，同时也把豪格招到蒙城来，一起商议对付商家军的办法。
虽然豪格对多铎的行为十分不满，但毕竞还是听从劝告，现在大家同仇敌忾，要对付共同的对手，因此也没有多和多铎计效，而是根据自己的经验，提出了一些应对商家军的办法。
经过众人的一番讨论，也一致认为，对付商家军最好的办法还是阿巴泰提出的，以火器制火器，虽然清军的火器比商家军的要差得多，但也总比拿人命往里填要好。但现在孔有徳部的红衣大炮、还有其他火器都成了商家军的战利品，只剩下耿仲明部还有各种火炮五六十门，其中有红衣大炮二十四门，另外还有火铳二千多支，但这样的数量，显然是无法和商家军相比的。
因此多铎把这一阶段的战事经过写成折奏，命人以八百里加急，送回北京。请救多尔衮至少在拔一百门火炮，五千枝火铳来增援，而且其中至少要有三十门红衣大炮，三千支鸟铳。然后分兵驻守蒙城、宿州、颕州等地，暂时按兵不动。
其他人到是没觉得有什么不妥，只有刚刚到达的图赖，因为还没偿到商家军的厉害，因此叫嚷着要立刻动进攻，在会议上大叫大嚷，说什么当年太祖太宗皇帝在时，咱们大清什么时候怕过明军的，自己只带一个甲喇的兵力出战，就可以一举杀到长江边上。
但这一次多铎和豪格也难得统一了意见，两人一起把图赖大骂了一顿，终于让图赖消停了下来。
就这样明淸双方以淮河为界，陷入了对持状态。而商毅抵挡清军南侵，的第一阶段的作战任务也圆满完成。在这一阶段的战斗中，商家军共计打死淸军近三万，俘虏一万八千余人，并且徼获了大量的物资，成功的延缓了淸军南下的时间。而商家军自身，仅仅只损失了一千多兵力。
胜利的消息传到了扬州之后，史可法也欣喜若狂，事实上在刘肇基丢失了寿州之后，史可法一度还以为淮河防线守不住了，那知在这种不利的情况下，商毅居然还能够主动出击，抓住战机，不仅重创了清军的孔有徳部，还抓住了孔有德之子孔训庭，迫使清军停止了进攻，怎么能不令史可法高兴。
而这时在另一条战线上也传来了好消息，黄得功己经击败了左梦庚部，南京之危也己解除。一时之间传来的尽是利好消息，史可法也立刻向南京上疏，要求朝廷立刻调黄得功和刘良佐返回江北驻守，共同保住淮西。
原来左良玉在三月底的时候，假借保卫太子的名议，举兵东犯，并且派兵把武昌烧掠一空，还劫持了湖广巡抚何腾蛟一起随军。但在汉阳门停船时，何腾蛟趁人不备，跃入水中救脫。左良玉只得率领大军，继续东进。
那知大军到达九江的时候，在九江督军的袁继咸前来迎接，苦口婆心地劝左良玉回心转意，并晓以大义，左良玉的态度到也稍有软化，但偏偏就在这时，左良玉的旧疾作，于当夜吐血数升，死在军营中。
左良玉一死，手下的金声桓、卢光祖、李国英、徐勇、郝效忠等将领推拥左良玉之子左梦庚为主将，但左梦庚的威望能力均远不如其老爹，根本就控制不住手下的这帮丘八们，因此左军东进不仅没有停止，相反还变本加利，劫持袁继咸，烧掠彭泽、大掠左流、洗劫建德后，直下到南京的门户安庆府。
这时整个南京朝廷都己经慌作了一团，马士英一党惶惶不可终曰，而东林一党到是幸灾乐祸，只等着看马士英的笑话。
幸好这时黄得功己率军赶到江南，在太平府的荻港截住左军东进的道路，双方展开了激战。左军虽然号称八十万，其实还不足二十万，而且多是无业游民、地痞无赖，根本就是一帮乌合之众，而且这时左良玉己死，左梦庚又压不住众将，左军其实己群龙无，黄得功也颇有一些勇略，因此一战之下，打得左军掉头鼠窜。
而刘良佐也趁机出兵从长江北岸夹击，左军立刻大败，退回了安庆府，黄得功和刘良佐又率军分从长江两岸追击，收复了安庆府，左梦庚率领着败军，一直退到了九江，才收住了脚。
消息传回南京，那些本来盼着左军杀入南京的东林党人都十分失望，马士英、阮大铖等人也不禁以手加额，庆幸不己。而这时史可法的上疏也传到了南京，不仅带来了商毅在淮河大败清军的消息，同时也请南京朝廷立刻命黄得功和刘良佐返回江北驻守。
这一个消息也再度震惊了整个南京，谁也没有想到，以孤军的姿态驻守淮河的商毅居然能够又一次取得辉煌的战功，而在这一战之后，商毅在整个南方的声望也再度提升，而且还连带着督师江北的史可法，还有在南京一直坚持支持商毅的吴甡，名望也都大大提升。
而一向善于闻风而动的东林党人一下子又找到了突破口，纷纷上书朝廷，要求朝廷重奖史可法、商毅等人，应该加封商毅为左督都，进公爵，中都留守司，并督师江北，主持江北的军务，还有人直接上书，直指马士英入阁己近一年，然而却一事无成，应该立刻主动辞职，让位荐贤。东林党这么一闹，再加上一些真心希望朝廷启用商毅和史可法的官员和民间人士也立刻附合，因此声势也被弄得十分浩大。
马士英是何等机灵的人，那还看不出，东林党人这是醉翁之意不在酒，重奖商毅根本就是个幌子，重点是史可法身上。因为现在论虚衔，史可法还比自己高了半级，要再嘉奖他，那什么重奖他。而现在出任江北督师的正是史可法，如果商毅接任了督师的职位，史可法怎么办，那就只能回南京入阁理事了，不是还有人要自己主动辞职让位吗？史可法一入阁，不就正好可以接任辅吗？
这点小把戏那能瞒得过马士英呢？因此马士英对东林党又轩起的这一阵呼声装作没听见。相反还以保卫南京为名下令，让黄得功驻守芜湖，让刘良佐驻守无为州，并不返回他们先前的驻地。
同时马士英又上疏南京朝廷，要求朝廷招降李自成，封李自成为顺国公，驻守湖广，接挡清军的进攻。这一个决定顿时又是一石激起千层浪，因为李自成是害死先帝的罪魁祸，马士英居然竟冒天下之大不违，提出招降李自成，自然立刻又遭到了东林党的一阵口诛笔伐。
但马士英丝毫也不为所动，坚持向李自成派出了使者。